Titlu proiect: “Sisteme inteligente non- invazive de diagnostic si prognostic in cancerul colorectal bazate pe microarn circulant integrate in workflowul clinic“
Acronim: INTELCOR
Contract nr. 193 / 01.07.2014
Cod proiect: PN-II-PT-PCCA-2013-4-1959
Sursa de finantare: PN II – Programul PARTENERIATE – Competiţia 2013
Buget proiect: 1.437.500 RON
Finantare de la bugetul de stat: 1.250.000. RON
Finantare din alte surse atrase (contributie financiara proprie):187.500 RON
Durata de implementare: 2014 – 2017
PARTENERIAT:
Coordonator proiect: Solutions of Artificial Intelligence (SAIA), director proiect Prof.Dr. Liana Adam
Partener 1: Universitatea de Medicina si Farmacie “Iuliu Hatieganu” Cluj Napoca (UMFCN), responsabil proiect Prof.Dr. Tudor Eliade Ciuleanu
Partener 2: RIVEL MARKET SRL (RIVEL), responsabil proiect ing. Daniel Vasile Muresan
Acest proiect a fost realizat prin programul Parteneriate in domenii prioritare – PN II, derulat cu sprijinul MEN-UEFISCDI, proiect nr. PN-II-PT-PCCA-2013-4-1959 contract nr. 193/2014
Summary of the project
The INTELCOR project will develop the best non-invasive colorectal cancer (CRC) diagnosis, early detection, differential diagnosis (with benign adenoma), and progression prediction tests. The last two tests will be developed for the first time. To be considered the best, the tests should be the most accurate (95%-100%), robust, and transparent. The tests are based on circulating microRNA (non-invasive) and advanced artificial intelligence methods (the highest robust accuracy). They will be also white-box or transparent models, discovered from microarray data, and their relationship with the hallmarks of cancer will be revealed, using knowledge mining in various knowledge bases. These tests will take as inputs the levels of circulating microRNA biomarkers discovered by us, and will output a diagnosis – normal, CRC, or adenoma – or a prognosis – progressive or non-progressive CRC. To transform these molecular and cellular models into real clinical decision support (intelligent) systems, they will be embedded in an automated CRC clinical workflow, created for the first time. The tests will be also implemented as Software as a Service (SaaS) and in hardware (via FPGA), to further increase their commercial potential. This will be done for the first time for a medical test. INTELCOR is a highly interdisciplinary project. Thus, UMF Cluj (P1) will enroll and investigate the CRC patients clinically, pathologically, imagistic, and will produce the corresponding microarray data. SAIA (CO) will develop a bioinformatics data analysis workflow and use it to develop the tests, which will be functionally analyzed together with P1. Rivel Market (P2) will develop and implement a top level CRC Electronic Medical Records for data integration, and the first automated CRC Clinical Workflow for tests integration into clinical practice. They will also implement the tests as software packages, as SaaS, and in hardware, for commercial reasons. As validation on large cohort of patients is known to improve the credibility and the marketability of omics tests, more data will be acquired from specialized companies. All available data will be integrated by CO in a multicenter database and a meta-analysis will be performed. As in any project combining high throughput data with artificial intelligence, the number of microarray samples and the computational power are important, but costly. INTELCOR is carefully designed to satisfy the financial and time constraints and reach not only the best published results, but also the best CRC omics tests on the market, by properly combining the human resources and facilities of the 3 partners with the project budget.
Rezumatul proiectului
Proiectul INTELCOR va dezvolta cele mai bune teste neinvazive pentru diagnosticul, depistarea precoce, diagnosticul diferențial (cu adenom benign), și predicția progresiei în cancerul colorectal (CRC). Ultimele două teste vor fi dezvoltate pentru prima dată. Pentru a fi considerate cele mai bune, testele ar trebui să fie cel mai precise (95% -100%), robuste, și transparente. Testele sunt bazate pe microRNA circulant (neinvaziv) și metode avansate de inteligență artificială (cea mai mare precizie robustă).Testele vor fi, de asemenea, modele white-box sau transparente, descoperite din date microarray, și relația lor cu semnele distinctive ale cancerului va fi descoperită, prin extragerea cunoştinţelor (knowledge mining) din diferite baze de cunoștințe. Aceste teste vor avea ca intrări nivelurile biomarkerilor de microRNA circulant descoperiţi de noi, și vor avea ca ieşire un diagnostic – normal, CRC, sau adenom – sau un prognostic – progresiv sau non-progresiv CRC. Pentru a transforma aceste modele moleculare și celulare în adevărate sisteme (inteligente) pentru suportul deciziei clinice, acestea vor fi încorporate într-un flux de lucru clinic automatizat pentru CRC, creat pentru prima dată. Testele vor fi, de asemenea, puse în aplicare ca Software as a Service (SaaS), și în hardware (prin intermediul FPGA), pentru a spori și mai mult potențialul lor comercial. Acest lucru va fi realizat pentru prima dată pentru un test medical. INTELCOR este un proiect extrem de interdisciplinar. Astfel, UMF Cluj (P1) va înrola și investiga pacienții cu CRC din punct de vedere clinic, patologic, imagistic, și va produce datele microarray corespunzătoare. SAIA (CO) va elabora un flux de lucru bioinformatic de analiză a datelor care va fi utilizat pentru a dezvolta testele, ce vor fi analizate din punct de vedere funcțional împreună cu P1. Rivel Market (P2) va elabora și implementa un soft de tip Electronic Medical Records (EMR – foaie de observație electronică) pentru CRC, la cel mai înalt nivel, pentru integrarea datelor, şi primul Clinical Workflow (flux de lucru clinic) automatizat pentru CRC pentru integrarea testelor în practica clinică. Ei vor implementa testele ca pachete de software, ca SaaS, și în hardware, pentru o mai bună comercializare. Deoarece validarea pe un număr mare de pacienți este cunoscută a îmbunătăți credibilitatea și potenţialul comercial al testelor omice, mai multe date vor fi achiziționate de la firme specializate. Toate datele disponibile vor fi integrate de CO într-o bază de date multicentrică și asupra lor va fi efectuată o meta-analiză. Ca în orice proiect care combină date high throughput cu inteligență artificială, numărul de probe microarray și puterea de calcul sunt importante, dar costisitoare. INTELCOR este atent conceput, astfel încât să satisfacă constrângerile financiare și de timp, pentru a ajunge nu numai la cele mai bune rezultate publicate, dar si la cele mai bune teste omics pentru CRC de pe piață, prin combinarea adecvată a resurselor umane și a facilităților celor 3 parteneri cu bugetul proiectului.
| Nume și prenume* | Poziție în proiect | |
| Coordonator (CO)
SAIA |
Adam Liana | director proiect/profesor dr. |
| Floares Alexandru | responsabil echipa/cercetator senior/dr. | |
| Ardevan Denisa | biologi/informatician/cercetator | |
| Bulzu Paul | biolog/rcercetator | |
| Birlutiu Adriana | IT/researcher | |
| Floares Carmen | oncolog/cercetator | |
| Fersigan Marius | informatician | |
| Partener 1
UMFCN |
Ciuleanu Tudor Eliade | responsabil proiect/conf. |
| Neagoe Ioana | Profesor dr. | |
| Pop Laura | postdoctorand/CS III | |
| Balacescu Ovidiu | CS II | |
| Petric Roxana | doctorand | |
| Pileczki Valentina | doctorand | |
| Buiga Rares | asist.cercet.cu doctorat | |
| Popita Vasile | asist.cercet.cu doctorat | |
| Braicu Cornelia | cercetator | |
| Radult Lajos Zsolt | doctorand | |
| Jurj Maria Ancuta | masterand | |
| Butnar Olimpia | responsabil achizitii | |
| Raducu Loredana Diana | responsabil financiar | |
| Partener 2
RIVEL |
Muresan Vasile Daniel | responsabil proiect |
| Muresan Catalin Mihai | programator | |
| Maris Daniela | ajutor de programator | |
| Lucaci Adriana Maria | ajutor de programator | |
| Muresan Mariana | economist | |
| Supp Ada Xenia | ajutor de programator | |
| Tirnovan Raluca Maria | programator | |
| Lupea Diana | programator | |
| Eduard Suica | programator |